Η διαφορική διάγνωση του HBV βασίζεται κυρίως στις κλινικές του εκδηλώσεις. Σύμφωνα με την Αμερικανική Σχολή Πληροφορίες Ρευματολογίας απομονωμένες διαφορικό - διαγνωστικά κριτήρια του ΕΣ από άλλες αγγειίτιδα (Mills, Ι.Α., 1990): μέχρι την ηλικία των 20 χρόνια, πορφύρα, κοιλιακό σύνδρομο (κοιλιακός πόνος, διάρροια, αίμα στα κόπρανα), η διείσδυση των κοκκιοκυττάρων τοιχωμάτων των μικρών αρτηριών και φλεβίδια.